明徳元年（1390年）、本願寺5代綽如上人によって開かれる。現在は東本願寺（真宗本廟）を本山と仰ぐ浄土真宗、大谷派の別院。『井波別院』や『瑞泉寺』と略される。北陸の浄土真宗信仰の中心として多くの信者を集め、越中の一向一揆の重要拠点ともなった寺院となった。

現在の本堂は、明治18年（1885年）に再建されたもので、木造建築の寺院としては、日本でも有数の建物で、井波彫刻の粋を集めた傑作である。

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毎年7月には1710年頃から始まった「太子伝会」が催され、聖徳太子のご一生が描かれている御絵伝を元に、絵解き説教がお取り次ぎされ、「聖徳太子二才像」のご開扉が行われる。

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三度の火災に遭うも再建し続けた北陸有数の大伽藍である。

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​瑞泉寺の門前町は彫刻の町として有名である。

井波彫刻の発祥は当寺が幾度も火災に遭い、その度に井波の宮大工が再建に関わってきたことが大きく関わっている。

その歴史は230余年。火災で焼失した瑞泉寺の再建のため、京都より招聘された彫刻師の教えを受けた井波の宮大工たちが、その技術を受け継ぎ進化させ、今日の井波彫刻文化の礎を築いた。

現在では「日本一の彫刻の町」として知られ、300名近くの彫刻師が居住し、通りには彫刻工房が軒を連ね、槌音を響かせている。

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2018年5月には瑞泉寺を中心とした木彫の伝統が高く評価され、文化庁が取り組む「日本遺産」に「木彫刻のまち・井波」が認定された。