文明年間（1470年頃）に本願寺第八代蓮如上人によって開基される。現在地には1559年に移転し、当地は城端城の跡地との伝承がある。現在は、東本願寺（真宗大谷派）の城端別院となっている。

江戸時代には加賀藩の庇護のもと、越中国の真宗寺院の触頭役（ふれがしらやく）として隆盛を来し、今日に至っており、山門・本堂・太鼓楼・鐘楼の４つが県の文化財に指定されている。

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当寺には約一万点の寺宝を所有しており、毎年、7月22日から一週間、虫干しを兼ね、一部が虫干法会として一般公開される。

寺宝の中には浄土真宗開祖、親鸞聖人直筆の「唯信抄」をはじめ、加賀藩の前田家拝領の宝物などがある。

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2018年春には「平成の大改修」が済み、城端の人々の心のよりどころとも言える善徳寺が往時の輝きを取り戻した。

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一度も火災にあったことのない稀有な古刹である。